Penyakit seliaka adalah kelainan autoimun multisistem yang dipicu oleh gluten, protein penyimpanan utama yang ditemukan terutama pada gandum, jelai dan gandum hitam. Tubuh memperlakukan gluten sebagai benda asing dan mengobarkan vili usus kecil untuk melindunginya dari penyerbu ini. Vili akhirnya menjadi rusak dan tidak mampu menyerap nutrisi dengan baik, terutama vitamin yang sangat penting bagi pertumbuhan, fungsi dan metabolisme tubuh.
Orang dengan penyakit celiac sering kekurangan vitamin D dan magnesium, yang dapat menambah dan memperburuk malabsorpsi kalsium, yang menyebabkan kepadatan tulang rendah dan osteoporosis. Kekurangan vitamin D memanifestasikan gejala seperti kelemahan otot, nyeri tulang, tulang lunak dan rakhitis atau kelainan rangka. Edisi Juli 2013 dari "Journal of Clinical Gastroenterology" melaporkan bahwa jika Anda menderita penyakit celiac dan defisiensi vitamin D Anda memiliki risiko lebih besar terkena psoriasis.
Karena tubuh hanya menggunakan magnesium dalam jumlah kecil, kekurangan ini bisa diperbaiki. Kalsium adalah salah satu kekurangan paling umum yang terkait dengan penyakit celiac. Kerusakan pada usus menyebabkan ketidakmampuan menyerap kalsium. Bila suplai kalsium rendah, kalsium ditarik dari reservoir tulang untuk memberi kalsium bagi aliran darah. Akhirnya, waduk mulai mengering dan tulang menjadi rapuh, tanda osteoporosis. Kalsium rendah juga bisa menyebabkan kejang dan parastesia, atau perasaan "pin dan jarum. "
Kekurangan vitamin B-12 umum terjadi pada pasien penyakit celiac, seperti yang ditunjukkan dalam sebuah penelitian yang diterbitkan pada bulan Maret 2001 di "American Journal of Gastroenterology." Bila bagian terakhir dari usus kecil rusak, yang dapat terjadi dengan kasus penyakit celiac yang parah, malabsorpsi vitamin B-12 dapat terjadi. Kekurangan ini dapat menyebabkan anemia, neuropati perifer, gangguan keseimbangan dan demensia. Vitamin A, E dan K Vitamin larut lemak A, E dan K juga diserap di usus bagian atas, sehingga penderita penyakit celiac yang mengalami kerusakan pada vili usus akan memiliki kekurangan. Kekurangan vitamin A dapat menyebabkan anemia, rabun senja dan masalah reproduksi, penglihatan dan pertumbuhan.Kekurangan vitamin D menyebabkan tulang yang lembut dan cacat pada anak-anak dan dapat menyebabkan masalah kalsium dan tulang seperti osteoporosis pada orang dewasa. Kekurangan vitamin E telah dikaitkan dengan masalah neurologis, sementara kekurangan vitamin K menghambat pembekuan darah. Tanpa vitamin K, risiko pendarahan meningkat drastis. Sebuah laporan dalam jurnal Journal of General Internal Medicine edisi November 2007 menyatakan bahwa pendarahan yang tidak dapat dijelaskan dari kekurangan vitamin K adalah tanda utama penyakit celiac.